Маленький фараон был отправлен на воспитание в храм, где его планировали отстранить от египетского престола на время правления Хатшепсут. Её правление ознаменовалось небывалым процветанием и возвышением Египта. Эта царица проявила себя, прежде всего, как строитель. В Карнаке было воздвигнуто, так называемое «Красное святилище», сооружено святилище Амона-Камутефа, расширен храм богини Мун.

При Хатшепсут Египет процветал в экономическом плане. Была организована экспедиция в страну Пунт. Контакты с этой страной были жизненно необходимы, так как Пунт были единственным экспортёром миррового дерева. Там египтяне закупили чёрное и мирровое деревья, благовония, краску, слоновую кость, обезьян, золото, шкуры и рабов.

Хатшепсут лично возглавляла один из двух военных походов в Нубию, а также контролировала Синайский полуостров, Финикийское побережье, Южную Сирию и Палестину. Она командовала войсками в походах против мятежных сирийских и палестинских городов. Так же допустила Тутмоса III к военной службе, чем положила его начало, как первого воителя в истории древнего Египта.

Хатшепсут скончалась приблизительно в пятьдесят лет от рака костей и печени, как показал анализ мумии.

В среде учёных-египтологов разгорелась дискуссия относительно личности женщины-фараона, которая стала называться «проблемой Хатшепсут». Первоначально считалось, что царица была старшей сестрой и женой Тутмоса III. Эта точка зрения базировалась на заблуждении, что замена имени одного царя именем другого обязательно свидетельствует о прямой последовательности их правления.

В честь Хатшепсут назван, открытый в 1960 году небольшой астероид 2436, входящий в пояс астероидов. Также женщине-фараону посвящено несколько книг и роль в игре «Цивилизация IV». Всё это говорит, что и по сей день Хатшепсут популярна и среде учёного мира, и в мире культуры.